Fragilisé par les crues successives de la Seine et par le gel, le pont s'effondra en 1408. Il fut remplacé par un nouveau pont en 1416. En 1424, il prit le nom de la chapelle Saint-Michel alors toute proche, et aujourd'hui disparue. Percuté par un bateau en 1547, il s'effondra à nouveau d'un coup, emportant avec lui 17 maisons, et provoquant la morts de nombreuses personnes. Reconstruit en bois en 1549, puis en pierre en 1624, il accueillit 32 maisons d'habitation ainsi que des boutiques jusqu'en 1809.

Le pont actuel, construit par l'architecte Vaudrey, date de 1857. Ses tympans sont ornées du 'N' impérial, tout comme le Pont au Change situé dans son prolongement.